心肌致密化不全（NVM）的病因及发病机制尚未完全阐明，其发生可能为遗传性或继发于其他先天性心脏。

一般认为，INVM是由基因突变引起胚胎发育第5～8周的心肌致密化过程停滞，进而导致肌小梁隐窝持续存在及肌小梁异常粗大所致。

对于合并左心室或右心室流出道梗阻、复杂性紫绀性心脏病或冠状动脉畸形等先天性心脏病的非孤立性心室肌致密化不全，其发病机制可能是这些先天性心脏病的发生发展过程中所产生的心脏压力负荷过重或心肌供血不足干扰了胚胎心肌小梁间隙的正常闭合，从而导致继发性心肌致密化不全。